本單位座落於長庚大學第二醫學大樓第3樓層。目前天然藥物碩士班空間規劃以教學與研究為主，能自行支配空間包括：位於校區第二醫學大樓3樓之班務室、會議室等行政空間及藥劑學實驗室、共同儀器室、細胞藥理研究室、藥物化學研究室、天然物藥理學研究室、藥物分子遺傳學研究室、細胞培養室、放射室、天然物萃取實驗室、核磁共振儀室、冷房、動物房、放射實驗室及教室等共12間教學研究實驗區域，合計空間約1652.89平方公尺。單位學生面積約50平方公尺，單位教師面積約275平方公尺，整體空間規劃符合教學與研究需求。 本所教學研究儀器設備充足先進，相關重點儀器如核磁共振儀（400 MHz NMR），桌上型氣相層析質譜儀GC/DIP mass，全程光譜檢示儀photodiode array，同步合成儀Parallel synthesizer，福傳式紅外線光譜儀FT-IR，高效液相層析儀HPLC，中壓製備型液相層析儀MPLC，凍晶乾燥機，大量藥材抽提器，高速離心機，超高速離心機，組織培養相關設備，動物試驗相關設備，奈米粒徑測定儀，可充分支援教學與各項研究。 天然藥物碩士班在學校與長庚醫院全力支持下，資源豐富、除教育部與國科會補助經費外，還有專任教師每年申請的「國科會研究經費」、「長庚醫院國科會計畫經費相對補助款」與「長庚醫院研究計畫經費」等，教學與研究經費充裕。不論在優秀師資延聘、先進設備購置、實驗室空間擴充等各方面都顯示能充份符合研究生學習之需求。 本所學生獲得獎助學金的管道有四種：一、國科會兼任獎助學金（每月6000-8000元）；二、長庚醫院計畫兼任助學金或工讀助學金（每月6000-8000元）；三、教育部獎助金（每月6000元）；四、本校每學期提供學業成績優秀學生獎學金（第一名：學雜費全免、第二名：獎學金20000元）。目前為止我們的研究生百分之百皆可以獲得至少一份獎補助學金。