88 年 08 月 敦聘王惠珀教授負責規劃成立「生藥科學研究所」並擔任第一任所長。

89 年 05 月 招收第一屆學生 (八十九學年度入學)。

89 年 10 月 更名為「天然藥物研究所」。

89 年 10 月 王惠珀所長榮任行政院衛生署藥政處處長，方嘉佑副教授代理所長一職。

91 年 08 月 聘請藥理科楊春茂教授擔任第二任所長。

93 年 08 月 方嘉佑副教授順利升等為教授。

94 年 03 月 本所遷至第二醫學大樓三樓新教學研究辦公區。

94 年 08 月 黃聰龍助理教授順利升等為副教授。

95 年 08 月 聘請藥理科翁一鳴教授擔任第三任所長。

95 年 08 月 廖長輝助理教授順利升等為副教授。

95 年 08 月 呂彥禮助理教授順利升等為副教授。

96 年 08 月 本所王惠珀教授離職轉任台北醫學大學藥學院院長。

97 年 08 月 翁一鳴教授離職轉任香港理工大學教授。

97 年 08 月 聘請天藥所方嘉佑教授擔任第四任所長。

97 年 08 月 聘任謝珮文助理教授。

98 年 08 月 黃聰龍副教授順利升等為教授。

99 年 08 月 謝珮文助理教授順利升等為副教授。

99 年 08 月 與「中醫系」及「傳統中國醫學研究所」合併為系所合一的「中醫學系碩士班」更名為「中醫學系天然藥物碩士班」，沈建忠教授擔任系主任、方嘉佑教授擔任副系主任。

99 年 10 月 方嘉佑教授轉任長庚技術學院。

99 年 10 月 黃聰龍教授擔任中醫學系副系主任。

101 年 08 月 聘任陳金銓助理教授。

102 年 08 月 於生物醫學研究所成立天然藥物組博士班，招收第一屆博士生，黃聰龍教授擔任組主任。

103 年 08 月 謝珮文副教授順利升等為教授。

104 年 08 月 黃聰龍教授轉任長庚技術學院民生學院院長。

104年  08 月 呂彥禮副教授擔任中醫學系副系主任。

105 年 08 月 廖庠睿副教授順利升等為教授。

107年 08 月 陳金銓助理教授順利升等為副教授。

108 年 08 月 呂彥禮副教授順利升等為教授。